Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış

Gülşah Keklik; B. Devrim Özcan

doi:10.47495/okufbed.1093687

Derleme

An Overview of Bioinformatics as a Multidisciplinary Science

Yıl 2022, Cilt: 5 Sayı: 2, 1082 - 1091, 18.07.2022

Gülşah Keklik B. Devrim Özcan

https://doi.org/10.47495/okufbed.1093687

Öz

After biologists discovered that the information in the cell is carried between generations by chromosomes based on the three-dimensional structure of DNA, it has become inevitable to work on gene projects and to benefit from the tools used in information technologies while doing this. Bioinformatics is a multidisciplinary branch of science arising from the combination of biology, medical sciences, information technologies, mathematics and biostatistics for the analysis and evaluation of data obtained from biological systems. The science of bioinformatics developed for the analysis of biological sequences; today, it is used in biology, genomic studies and gene expression studies, diagnosis and treatment, drug development for diagnosed diseases and similar fields, and it makes great use of information technologies and biostatistics.
Within the scope of the subject of this study, the emergence of bioinformatics, its relationship with other disciplines, its application areas and what it will mean in the future as a science will be discussed and information about this process will be given.

Anahtar Kelimeler

Bioinformatics, Information technologies, Databases, Molecular biology and genetics.

Kaynakça

Akın, A. C., Bürçe, B., Çevirici, B., Şahin, B., Şahin, E., & Şahin, Y. (2014). Disiplinler Arası Bir Bilim Dalı: Biyoinformatik.
Arhipova, I. (2006). The role of statistical methods in computer science and bioinformatics. Latvia University of Agriculture, Latvia, ICOTS-7.
Atalay, R. Ç. (2002). Neden Biyoinformatik. Avrasya Dosyası, Moleküler Biyoloji ve Gen Teknolojileri Özel, Sonbahar, 8(3), 129-141.
Attwood, T. K. (1999). eind Parry-Smith, DJ: Introduction to bioinformatics.
Chen JN and Chang JS, 1998, Topical clustering of MRD sense based on information retrieval techniques, Computational Linguistics. 24(1),61-95.
Collins, F. S., Morgan, M., & Patrinos, A. (2003). The Human Genome Project: lessons from large- scale biology. Science, 300(5617), 286-290.
Ding, C., He, X., Xiong, H., Peng, H., & Holbrook, S. R. (2006). Transitive closure and metric inequality of weighted graphs: detecting protein interaction modules using cliques. International journal of data mining and bioinformatics, 1(2), 162-177.
Drews, J. (2000). Drug discovery: a historical perspective. science, 287(5460), 1960-1964.
Duman, Y. E. Biyoinformatik ve İlaç Keşfi. Eser, U., & Öngel, K. (2014). Güncel Biyoinformatik Yaklaşımlar Recent Bioinformatics Approaches.
Gentleman, R. C., Carey, V. J., Bates, D. M., Bolstad, B., Dettling, M., Dudoit, S., ... & Zhang, J. (2004). Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics. Genome biology, 5(10), 1-16.
Gribskov, M. (1999). The new biological literature. Bioinformatics (Oxford, England), 15(5), 347-347.
Hogue, C. W. (2002). Bioinformatics for beginners. Trends in Biochemical Sciences, 10(27), 542-543.
Karabulut, E., & Karaoğlu, E. (2010). Biyoinformatik ve biyoistatistik. Hacettepe Tıp Dergisi, 41, 162-170.
Kumaresan, V., Bhatt, P., Palanisamy, R., Gnanam, A., Pasupuleti, M., & Arockiaraj, J. (2014). A murrel cysteine protease, cathepsin L: bioinformatics characterization, gene expression and proteolytic activity. Biologia, 69(3), 395-406.
Kuonen, D. (2003). Challenges in bioinformatics for statistical data miners. Bulletin of the Swiss Statistical Society, 46, 10-17.
Luscombe, N. M., Greenbaum, D., & Gerstein, M. (2001). What is bioinformatics? A proposed definition and overview of the field. Methods of information in medicine, 40(04), 346-358.
Min, S., Lee, B., & Yoon, S. (2017). Deep learning in bioinformatics. Briefings in bioinformatics, 18(5), 851-869. Polat, M., & KARAHAN, A. (2009). Multidisipliner yeni bir bilim dalı: biyoinformatik ve tıpta uygulamaları. SDÜ Tıp Fakültesi Dergisi, 16(3), 41-50.
Rashidi, H. H., & Buehler, L. K. (1999). Bioinformatics basics: applications in biological science and medicine. CRC press.
Searls, D. B. (2000). Using bioinformatics in gene and drug discovery. Drug Discovery Today, 5(4), 135-143.
Tandon, P., & Bhattacharjee, P. (2009). Bioinformatics: An overview, Plant Tissue Culture and Molecular Markers.
Tanyolaç, B., Kaya, H. B., Soya, S., & Akkale, C. Biyoteknoloji ve biyoinformatik. www.ncbi.nlm.nih.gov www.expasy.org

Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış

Yıl 2022, Cilt: 5 Sayı: 2, 1082 - 1091, 18.07.2022

Gülşah Keklik B. Devrim Özcan

https://doi.org/10.47495/okufbed.1093687

Öz

Biyologların, DNA’nın üç boyutlu yapısından yola çıkarak hücre içindeki bilgilerin kromozomlar tarafından kuşaklar arası taşındığını keşfetmelerinin ardından gen projeleri üzerinde çalışmaları ve bunu yaparken bilişim teknolojilerinde kullanılan araçlardan yararlanmaları kaçınılmaz bir hal almıştır. Biyoinformatik, biyolojik sistemlerden elde edilen verilerin analizinin yapılması ve değerlendirilmesi için biyoloji, tıp bilimleri, bilişim teknolojileri, matematik ve biyoistatistiğin birleşiminden doğan multidisiplinler bir bilim dalıdır. Biyolojik dizilerin analizi için geliştirilen biyoinformatik bilimi; günümüzde biyoloji, genomik çalışmalar ve gen ekspresyon çalışmaları, tanı ve tedavi ile tanısı konmuş hastalıklara ilişkin ilaçlar geliştirme ve benzeri alanlarda kullanılmakta olup bilişim teknolojileri ve biyoistatistik biliminden oldukça faydalanmaktadır.
Bu çalışmanın konusu kapsamında, biyoinformatik biliminin ortaya çıkışı, diğer disiplinler ile ilişkisi, uygulama alanları ve bir bilim dalı olarak gelecekte ne anlam ifade edeceği ele alınarak bu sürece ilişkin bilgiler verilecektir.

Anahtar Kelimeler

Biyoinformatik, Bilişim teknolojileri, Veri tabanları, Moleküler biyoloji ve genetik.

Kaynakça

Akın, A. C., Bürçe, B., Çevirici, B., Şahin, B., Şahin, E., & Şahin, Y. (2014). Disiplinler Arası Bir Bilim Dalı: Biyoinformatik.
Arhipova, I. (2006). The role of statistical methods in computer science and bioinformatics. Latvia University of Agriculture, Latvia, ICOTS-7.
Atalay, R. Ç. (2002). Neden Biyoinformatik. Avrasya Dosyası, Moleküler Biyoloji ve Gen Teknolojileri Özel, Sonbahar, 8(3), 129-141.
Attwood, T. K. (1999). eind Parry-Smith, DJ: Introduction to bioinformatics.
Chen JN and Chang JS, 1998, Topical clustering of MRD sense based on information retrieval techniques, Computational Linguistics. 24(1),61-95.
Collins, F. S., Morgan, M., & Patrinos, A. (2003). The Human Genome Project: lessons from large- scale biology. Science, 300(5617), 286-290.
Ding, C., He, X., Xiong, H., Peng, H., & Holbrook, S. R. (2006). Transitive closure and metric inequality of weighted graphs: detecting protein interaction modules using cliques. International journal of data mining and bioinformatics, 1(2), 162-177.
Drews, J. (2000). Drug discovery: a historical perspective. science, 287(5460), 1960-1964.
Duman, Y. E. Biyoinformatik ve İlaç Keşfi. Eser, U., & Öngel, K. (2014). Güncel Biyoinformatik Yaklaşımlar Recent Bioinformatics Approaches.
Gentleman, R. C., Carey, V. J., Bates, D. M., Bolstad, B., Dettling, M., Dudoit, S., ... & Zhang, J. (2004). Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics. Genome biology, 5(10), 1-16.
Gribskov, M. (1999). The new biological literature. Bioinformatics (Oxford, England), 15(5), 347-347.
Hogue, C. W. (2002). Bioinformatics for beginners. Trends in Biochemical Sciences, 10(27), 542-543.
Karabulut, E., & Karaoğlu, E. (2010). Biyoinformatik ve biyoistatistik. Hacettepe Tıp Dergisi, 41, 162-170.
Kumaresan, V., Bhatt, P., Palanisamy, R., Gnanam, A., Pasupuleti, M., & Arockiaraj, J. (2014). A murrel cysteine protease, cathepsin L: bioinformatics characterization, gene expression and proteolytic activity. Biologia, 69(3), 395-406.
Kuonen, D. (2003). Challenges in bioinformatics for statistical data miners. Bulletin of the Swiss Statistical Society, 46, 10-17.
Luscombe, N. M., Greenbaum, D., & Gerstein, M. (2001). What is bioinformatics? A proposed definition and overview of the field. Methods of information in medicine, 40(04), 346-358.
Min, S., Lee, B., & Yoon, S. (2017). Deep learning in bioinformatics. Briefings in bioinformatics, 18(5), 851-869. Polat, M., & KARAHAN, A. (2009). Multidisipliner yeni bir bilim dalı: biyoinformatik ve tıpta uygulamaları. SDÜ Tıp Fakültesi Dergisi, 16(3), 41-50.
Rashidi, H. H., & Buehler, L. K. (1999). Bioinformatics basics: applications in biological science and medicine. CRC press.
Searls, D. B. (2000). Using bioinformatics in gene and drug discovery. Drug Discovery Today, 5(4), 135-143.
Tandon, P., & Bhattacharjee, P. (2009). Bioinformatics: An overview, Plant Tissue Culture and Molecular Markers.
Tanyolaç, B., Kaya, H. B., Soya, S., & Akkale, C. Biyoteknoloji ve biyoinformatik. www.ncbi.nlm.nih.gov www.expasy.org

Toplam 21 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Birincil Dil	Türkçe
Konular	Ziraat Mühendisliği (Diğer), Ziraat, Veterinerlik ve Gıda Bilimleri
Bölüm	Derlemeler (REVIEWS)
Yazarlar	Gülşah Keklik B. Devrim Özcan 0000-0002-9198-656X
Yayımlanma Tarihi	18 Temmuz 2022
Gönderilme Tarihi	26 Mart 2022
Kabul Tarihi	22 Mayıs 2022
Yayımlandığı Sayı	Yıl 2022 Cilt: 5 Sayı: 2

Kaynak Göster

APA	Keklik, G., & Özcan, B. D. (2022). Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış. Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 5(2), 1082-1091. https://doi.org/10.47495/okufbed.1093687
AMA	Keklik G, Özcan BD. Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış. OKÜ Fen Bil. Ens. Dergisi ((OKU Journal of Nat. & App. Sci). Temmuz 2022;5(2):1082-1091. doi:10.47495/okufbed.1093687
Chicago	Keklik, Gülşah, ve B. Devrim Özcan. “Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış”. Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 5, sy. 2 (Temmuz 2022): 1082-91. https://doi.org/10.47495/okufbed.1093687.
EndNote	Keklik G, Özcan BD (01 Temmuz 2022) Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış. Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 5 2 1082–1091.
IEEE	G. Keklik ve B. D. Özcan, “Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış”, OKÜ Fen Bil. Ens. Dergisi ((OKU Journal of Nat. & App. Sci), c. 5, sy. 2, ss. 1082–1091, 2022, doi: 10.47495/okufbed.1093687.
ISNAD	Keklik, Gülşah - Özcan, B. Devrim. “Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış”. Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 5/2 (Temmuz 2022), 1082-1091. https://doi.org/10.47495/okufbed.1093687.
JAMA	Keklik G, Özcan BD. Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış. OKÜ Fen Bil. Ens. Dergisi ((OKU Journal of Nat. & App. Sci). 2022;5:1082–1091.
MLA	Keklik, Gülşah ve B. Devrim Özcan. “Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış”. Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, c. 5, sy. 2, 2022, ss. 1082-91, doi:10.47495/okufbed.1093687.
Vancouver	Keklik G, Özcan BD. Multidisipliner Bir Bilim Dalı Olarak Biyoinformatiğe Genel Bir Bakış. OKÜ Fen Bil. Ens. Dergisi ((OKU Journal of Nat. & App. Sci). 2022;5(2):1082-91.