Research Article
BibTex RIS Cite

Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi

Year 2021, Volume: 36 Issue: 1, 139 - 148, 30.06.2021

Gözde Demir Savaş Korkmaz

Abstract

Turnip mosaic virus (TuMV) dünyada konukçusu olduğu bitkilerin yetiştirildiği bölgelerde ekonomik düzeyde zarara neden olmaktadır. Dünyada son yıllarda yapılan bir çalışmada virüsün Brassicaceae familyasındaki bitkilerin dışında bamyayı da enfekte ettiği belirlenmiştir. Bu çalışma kapsamında bamyayı enfekte eden bir TuMV izolatının tüm genom dizi analizi yapılmıştır. Genom dizilimi belirlenen bamya TuMV izolatının dünya izolatları ile karşılaştırılması sonucunda nükleotit düzeyinde %77-93, amino asit düzeyinde ise %89-97 oranında benzerliklere sahip olduğu bulunmuştur. Filogenetik analizler sonucunda ise bamya TuMV izolatının basal-B filogenetik grubunda yer aldığı görülmüştür. Bu çalışma ile ülkemizde ilk defa bamyayı enfekte eden bir TuMV izolatının genom düzeyinde moleküler karaktezasyonu gerçekleştirilmiştir.

Keywords

RT-PCR BENZERLİK FİLOGENETİK

Supporting Institution

Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi

Project Number

FYL-2019-3061

Thanks

Bu çalışma birinci yazarın yüksek lisans tezinden üretilmiş olup, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimince Desteklenmiştir. Proje Numarası: FYL-2019-3061.

References

  • Akbay, C., Candemir, S., Orhan, E. (2005) Türkiye’de yaş meyve ve sebze ürünleri üretim ve pazarlaması. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Fen ve Mühendislik Dergisi 8 (2): 96-107.
  • Asare-Bediako, E., Van der Puije, G.C., Taah, K.J., Abole, E.A., Baidoo, A. (2014) Prevalence of okra mosaic and leaf curl diseases and Podagrica spp. damage of okra (Albelmoschus esculentus) plants. International Journal of Current Research and Academic Review 2 (6): 260-271.
  • Farzadfar, S., Tomitaka, Y., Ikematsu, M., Golnaraghi, A. R., Pourrahim, R., Ohshima, K. (2009) Molecular characterisation of turnip mosaic virus isolates from brassicaceae weeds. European journal of plant pathology 124 (1): 45-55.
  • Gera, A., Lampel M., Cohen, J., Rosner, A. (2001) Okra (Hibiscus esculentus)—a new host of turnip mosaic virus in Israel. Plant Disease 85 (3): 336.
  • Gökdağ, S., Karanfil, A., Korkmaz, S. (2016) Çanakkale ili ıspanak alanlarındaki şalgam mozaik virüsü ve hıyar mozaik virüsü varlığının belirlenmesi. Bahçe, özel sayı 2: 166-170.
  • Karanfil, A. (2020). Researchıng of usability of different total nucleic acid isolation methods in detection of potyvirus infections by RT-PCR. International Van Conference on Applied Sciences 43.
  • Karanfil, A., Korkmaz, S. (2019) Bamya bitkisinde şalgam mozaik virüsü (turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu. Bitki Koruma Bülteni 59 (3): 79-87.
  • Karanfil, A., Korkmaz, S. (2020) Çanakkale ve Tekirdağ illeri kanola üretim alanlarında önemli virüs hastalıklarının tanılanması ve karakterizasyonu. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 57 (1): 53-62.
  • Korkmaz, S., Karanfil A. (2017). Detection of turnip mosaic virus from brassica plants by serological and molecular methods in Çanakkale, Turkey. 2nd International Balkan Agriculture Congress, 60.
  • Korkmaz, S, Tomitaka, Y., Onder, S., Ohshima, K. (2008) Occurrence and molecular characterization of Turkish isolates of Turnip mosaic virus. Plant Pathology 57 (6): 1155-1162.
  • Korkmaz, S., Cevik, B., Karanfil, A., Onder, S., Ohshima, K. (2020) Phylogenetic relationships and genetic structure of populations of turnip mosaic virus in Turkey. European Journal of Plant Pathology 156 (2): 559-569.
  • Lamont, W.J. (1999) Okra-A versatile vegetable crop. HortTechnology 9 (2): 179-184.
  • Li, R., Mock, R., Huang, Q., Abad, J., Hartung, J., Kinard, G. (2008) A reliable and in expensive method of nucleic acid extraction for the pcr-based detection of diverse plant pathogens. Journal of Virological Methods 154 (1-2): 48-55.
  • Muhire, B.M., Varsani, A., Martin, D.P. (2014). SDT: A virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One, 9: 0108277.
  • Ohshima, K., Yamaguchi, Y., Hirota, R., Hamamoto, T., Tomimura, K., Tan, Z.Y., Sano, T., Azuhata, F., Walsh, J.A., Fletcher, J.,
  • Chen, J.S., Gera, A., Gibbs, A. (2002). Molecular evolution of turnip mosaic virus: evidence of host adaptation, genetic recombination and geographical spread, Journal of General Virology, 83 (6): 1511-21.
  • Provvidenti, R., Brunt, A.A., Crabtree, K., Dallwitz, M.J., Gibbs, A.J., Watson, L. (1996) Turnip mosaic potyvirus, Viruses of Plants, CAB International, Wallingford, UK.
  • Shevchenko, O., Yasaka, R., Tymchyshyn, O., Shevchenko, T., ve Ohshima, K. (2018) First evidence of the occurrence of Turnip mosaic virus in Ukraine and molecular characterization of its isolate. Journal of Phytopathology 166 (6): 429-437.
  • Wang, H.Y., Liu, J.L., Gao, R., Chen, J., Shao, Y.H., Li, X.D. (2009) Complete genomic sequence analyses of Turnip mosaic virus basal-BR isolates from China. Virus Genes 38 (3): 421-428.
  • Yasaka, R., Fukagawa, H., Ikematsu, M., Soda, H., Korkmaz, S., Golnaraghi, A., Ohshima, K. (2017) The timescale of emergence and spread of turnip mosaic potyvirus. Scientific Reports 7 (1): 1-14.

Year 2021, Volume: 36 Issue: 1, 139 - 148, 30.06.2021

Gözde Demir Savaş Korkmaz

Abstract

Project Number

FYL-2019-3061

References

  • Akbay, C., Candemir, S., Orhan, E. (2005) Türkiye’de yaş meyve ve sebze ürünleri üretim ve pazarlaması. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Fen ve Mühendislik Dergisi 8 (2): 96-107.
  • Asare-Bediako, E., Van der Puije, G.C., Taah, K.J., Abole, E.A., Baidoo, A. (2014) Prevalence of okra mosaic and leaf curl diseases and Podagrica spp. damage of okra (Albelmoschus esculentus) plants. International Journal of Current Research and Academic Review 2 (6): 260-271.
  • Farzadfar, S., Tomitaka, Y., Ikematsu, M., Golnaraghi, A. R., Pourrahim, R., Ohshima, K. (2009) Molecular characterisation of turnip mosaic virus isolates from brassicaceae weeds. European journal of plant pathology 124 (1): 45-55.
  • Gera, A., Lampel M., Cohen, J., Rosner, A. (2001) Okra (Hibiscus esculentus)—a new host of turnip mosaic virus in Israel. Plant Disease 85 (3): 336.
  • Gökdağ, S., Karanfil, A., Korkmaz, S. (2016) Çanakkale ili ıspanak alanlarındaki şalgam mozaik virüsü ve hıyar mozaik virüsü varlığının belirlenmesi. Bahçe, özel sayı 2: 166-170.
  • Karanfil, A. (2020). Researchıng of usability of different total nucleic acid isolation methods in detection of potyvirus infections by RT-PCR. International Van Conference on Applied Sciences 43.
  • Karanfil, A., Korkmaz, S. (2019) Bamya bitkisinde şalgam mozaik virüsü (turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu. Bitki Koruma Bülteni 59 (3): 79-87.
  • Karanfil, A., Korkmaz, S. (2020) Çanakkale ve Tekirdağ illeri kanola üretim alanlarında önemli virüs hastalıklarının tanılanması ve karakterizasyonu. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 57 (1): 53-62.
  • Korkmaz, S., Karanfil A. (2017). Detection of turnip mosaic virus from brassica plants by serological and molecular methods in Çanakkale, Turkey. 2nd International Balkan Agriculture Congress, 60.
  • Korkmaz, S, Tomitaka, Y., Onder, S., Ohshima, K. (2008) Occurrence and molecular characterization of Turkish isolates of Turnip mosaic virus. Plant Pathology 57 (6): 1155-1162.
  • Korkmaz, S., Cevik, B., Karanfil, A., Onder, S., Ohshima, K. (2020) Phylogenetic relationships and genetic structure of populations of turnip mosaic virus in Turkey. European Journal of Plant Pathology 156 (2): 559-569.
  • Lamont, W.J. (1999) Okra-A versatile vegetable crop. HortTechnology 9 (2): 179-184.
  • Li, R., Mock, R., Huang, Q., Abad, J., Hartung, J., Kinard, G. (2008) A reliable and in expensive method of nucleic acid extraction for the pcr-based detection of diverse plant pathogens. Journal of Virological Methods 154 (1-2): 48-55.
  • Muhire, B.M., Varsani, A., Martin, D.P. (2014). SDT: A virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One, 9: 0108277.
  • Ohshima, K., Yamaguchi, Y., Hirota, R., Hamamoto, T., Tomimura, K., Tan, Z.Y., Sano, T., Azuhata, F., Walsh, J.A., Fletcher, J.,
  • Chen, J.S., Gera, A., Gibbs, A. (2002). Molecular evolution of turnip mosaic virus: evidence of host adaptation, genetic recombination and geographical spread, Journal of General Virology, 83 (6): 1511-21.
  • Provvidenti, R., Brunt, A.A., Crabtree, K., Dallwitz, M.J., Gibbs, A.J., Watson, L. (1996) Turnip mosaic potyvirus, Viruses of Plants, CAB International, Wallingford, UK.
  • Shevchenko, O., Yasaka, R., Tymchyshyn, O., Shevchenko, T., ve Ohshima, K. (2018) First evidence of the occurrence of Turnip mosaic virus in Ukraine and molecular characterization of its isolate. Journal of Phytopathology 166 (6): 429-437.
  • Wang, H.Y., Liu, J.L., Gao, R., Chen, J., Shao, Y.H., Li, X.D. (2009) Complete genomic sequence analyses of Turnip mosaic virus basal-BR isolates from China. Virus Genes 38 (3): 421-428.
  • Yasaka, R., Fukagawa, H., Ikematsu, M., Soda, H., Korkmaz, S., Golnaraghi, A., Ohshima, K. (2017) The timescale of emergence and spread of turnip mosaic potyvirus. Scientific Reports 7 (1): 1-14.
There are 20 citations in total.

Details

Primary Language Turkish
Subjects Agricultural Engineering
Journal Section Research Article
Authors

Gözde Demir 0000-0002-1377-4350

Savaş Korkmaz 0000-0001-8227-3800

Project Number FYL-2019-3061
Publication Date June 30, 2021
Published in Issue Year 2021 Volume: 36 Issue: 1

Cite

APA Demir, G., & Korkmaz, S. (2021). Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi. Çukurova Tarım Ve Gıda Bilimleri Dergisi, 36(1), 139-148.
AMA Demir G, Korkmaz S. Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi. Çukurova J. Agric. Food. Sciences. June 2021;36(1):139-148.
Chicago Demir, Gözde, and Savaş Korkmaz. “Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi”. Çukurova Tarım Ve Gıda Bilimleri Dergisi 36, no. 1 (June 2021): 139-48.
EndNote Demir G, Korkmaz S (June 1, 2021) Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi. Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi 36 1 139–148.
IEEE G. Demir and S. Korkmaz, “Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi”, Çukurova J. Agric. Food. Sciences, vol. 36, no. 1, pp. 139–148, 2021.
ISNAD Demir, Gözde - Korkmaz, Savaş. “Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi”. Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi 36/1 (June 2021), 139-148.
JAMA Demir G, Korkmaz S. Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi. Çukurova J. Agric. Food. Sciences. 2021;36:139–148.
MLA Demir, Gözde and Savaş Korkmaz. “Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi”. Çukurova Tarım Ve Gıda Bilimleri Dergisi, vol. 36, no. 1, 2021, pp. 139-48.
Vancouver Demir G, Korkmaz S. Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi. Çukurova J. Agric. Food. Sciences. 2021;36(1):139-48.
 Download Cover Image

From January 1, 2016 “Çukurova University Journal of Faculty of Agriculture” continuous its publication life as “Çukurova Journal of Agriculture and Food Sciences”.